Parce qu'une partie du rôle de l'ingénieur est de créer du savoir, l'EPITA a mis en place son pôle recherche en 1998 donnant naissance à 3 laboratoires de recherche académique et appliquée.

Le Laboratoire de Recherche et Développement de l'EPITA (LRDE) propose aux étudiants de l'EPITA de s'initier à la recherche académique au travers de publications et de projets.

Fondé en 1999, l'Institut d'Innovation Informatique pour l'Entreprise (3IE) est un laboratoire de recherche applicative, d’études et de services professionnels en Technologies de l'Information.

Fondé en 1999 avec la volonté de démontrer l'expertise de l'EPITA dans le monde de la sécurité informatique, le LSE s'est très vite réorienté vers une bi compétence sécurité et système